Nhằm đáp ứng nhu cầu thực tế của Bệnh viện, ngày 28/09/2006, Khoa Chống Nhiễm khuẩn Bệnh viện Đại học Y Dược TPHCM đã được thành lập. Đến ngày 04/09/2010, Khoa đổi tên thành khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn.